Die Beobachtungsstation am Appener See wurde gemeinsam mit dem Schau- und Lehrgarten im Mai 2011 eröffnet. Der Appener See entstand durch jahrzehntelangen Kiesabbau. Die Wasserfläche umfasst ca. 20 Hektar. Ein barrierefrei gestalteter Weg führt zu einer Beobachtungsplattform, von dort können viele unterschiedliche Arten von Wasservögeln, geschützt durch eine Pallisadenwand, beobachtet werden.

Auf den Weideflächen am Ufer des Appener Sees werden Robustrinder gehalten. In 2013 wurden auf der Fläche zusätzlich insgesamt sieben kleine Teiche angelegt, um vom Aussterben bedrohte Amphibienarten, wie z. B. den Kammmolch und die Knoblauchkröte anzusiedeln und zu schützen.

Am Fuße des Beobachtungshügel wurde eine Flachwasserzone angelegt, welche die unterschiedlichsten Wasserpflanzen und Kleinstlebewesen beherbergt.